生産・加工業者の団体は、生産行程管理業務規程に基づき、その構成員である生産・加工業者が、明細書(その産品が満たすべき品質の基準)に適合した生産を行うよう必要な指導、検査等を実施しなければなりません。農林水産大臣は、生産行程業務が適切に行われているか、定期的にチェックします。
不正使用が行われている場合は、国(農林水産大臣)が取締りを行います。
不正使用が行われていることを知った者は、農林水産大臣にその旨を通報します。農林水産大臣は、不正使用を行っている生産・加工業者に対して、不正表示の除去又は抹消を命令します。その他にも、輸入業者により輸入されたGIの付された模倣品を譲渡するなどの行為を禁止するなどして取締りを行います。